CharakteryzujĄ SiĘ ZloŻonoŚciĄ TranskryptomalnĄ Ssaków

W mojej pracy doktorskiej opisalem zakrojony na szeroka skale RT-PCR i potok klonowania, który opracowalem w celu uzyskania kilku tysiecy pelnowymiarowych klonów cDNA ssaków (glównie ludzi i myszy) dla potrzeb NHGRI/NCI Mammalian Gene Collection. W tym czasie, warstwy zlozonosci transkryptomu ssaków nie byly jeszcze w pelni opracowane. W tym projekcie bylem gleboko zaangazowany w kwestie strategiczne i konceptualne przy charakteryzowaniu zlozonosci transkryptomów z róznych poziomów. Wykorzystujac rurociag RT-PCR w polaczeniu z algorytmami przewidywania genów, które wykorzystuja porównawcze informacje genomowe, z powodzeniem zidentyfikowalismy i zweryfikowalismy eksperymentalnie nowe geny ssaków, takie jak pelnometrazowe homologi genów chorób ludzkich. Ponadto, badalem zlozonosc transkryptomów, w tym SNP i alternatywne splatanie w próbkach bialaczek przy uzyciu ilosciowego PCR i opracowalismy technologie analizy sladowej w celu zidentyfikowania wielu alternatywnych splatanych transkryptów w jednej reakcji sekwencyjnej. Moje wyniki sugeruja, ze alternatywnie splecione transkrypty wykazuja specyficzna dla raka regulacje w góre lub w dól, a stosunek alternatywnych splecionych izoform moze stanowic podstawe mechanizmu nowotworowego.